Les données de génétique postnatale correspondent à l’activité 2010 des laboratoires. Elles ont été recueillies de manière spécifique en coopération avec Orphanet sur la base de la liste des laboratoires autorisés recensés et de la liste de ceux déclarés à Orphanet. La base de données a été figée le 10 mars 2011. Les modifications apportées après cette date n’ont pas été prises en compte.
Résumé de l’activité de génétique postnatale
L’année 2011 a été l’occasion pour l’Agence de la biomédecine de recueillir pour la seconde année les données nationales des laboratoires ayant une activité de diagnostic postnatal de génétique constitutionnelle.
La participation de 98% des laboratoires contactés est très satisfaisante. Parmi les 236 laboratoires, 75 ont au moins une activité de cytogénétique y compris moléculaire et 188 au moins une activité de génétique moléculaire. Plus de 40% des laboratoires autorisés pour la génétique moléculaire le sont uniquement pour une activité limitée. Dans cette dernière situation l’activité peut être limitée à une ou plusieurs analyses.
Ce rapport d’activité constitue un outil important dans le cadre de la réalisation des SROS.
Tableau POSTNATAL1. Laboratoires de génétique postnatale en 2010
|
N |
Nombre de laboratoires proposant une activité de cytogénétique |
75 |
Nombre de laboratoires proposant une activité de génétique moléculaire |
188 |
avec une activité à autorisation non limitée |
108 |
avec une activité à autorisation limitée |
80 |
Nombre total de laboratoires |
236 |
* Certains laboratoires proposent une activité de génétique moléculaire et de cytogénétique |
Tableau POSTNATAL2. Activités pratiquées par les laboratoires de génétique moléculaire ayant une activité limitée en 2010
|
N |
Facteurs II et V |
43 |
Hématologie |
22 |
Hémochromatose |
16 |
Analyses de biologie moléculaire appliquée à la cytogénétique |
10 |
Pharmacogénétique |
9 |
Typages HLA |
4 |
Autre |
28 |
Tableau POSTNATAL3. Résumé de l’activité de génétique postnatale en 2010
|
N |
Cytogénétique |
|
Nombre d’analyses totales |
84925 |
par caryotypes |
70997 |
par FISH |
13928 |
Génétique moléculaire (y compris pharmacogénétique) |
|
Nombre de diagnostics |
|
disponibles |
1205 |
réalisés |
1024 |
Nombre de gènes |
|
disponibles |
1242 |
testés |
1123 |
Nombre d’analyses |
361169 |
Figure POSTNATAL1. Répartition géographique des laboratoires de cytogénétique et de génétique moléculaire postnatale ayant déclaré une activité en 2010
![Figure POSTNATAL1. Répartition géographique des laboratoires de cytogénétique et de génétique moléculaire postnatale ayant déclaré une activité en 2010](figures/FPOSTNATAL1a_ptt.jpg)
![Figure POSTNATAL1. Répartition géographique des laboratoires de cytogénétique et de génétique moléculaire postnatale ayant déclaré une activité en 2010](figures/FPOSTNATAL1b_ptt.jpg)
Comme il fallait s’y attendre, le caryotype est un examen de génétique très pratiqué avec près de 85 000 analyses réalisées en 2010 comprenant 70 997 caryotypes et 13 928 hybridations in situ (FISH) réalisées souvent en complément.
Ces chiffres sont comparables à ceux de l’année précédente, ce qui permet de valider le dispositif de recueil mis en place par l’Agence de la biomédecine.
Afin d’améliorer la qualité des données recueillies, les indications « retard mental, associé ou non à des malformations » et « anomalies du développement » ont été regroupées. L’indication « maladies cassantes » a été ajoutée.
Comme en 2009, un faible taux d’anomalies déséquilibrées est retrouvé pour l’indication « troubles de la reproduction ».
Tableau POSTNATAL4. Activité de cytogénétique postnatale en 2010 selon l'indication
Figure POSTNATAL2. Pourcentage d’anomalies équilibrées et déséquilibrées diagnostiquées en cytogénétique postnatale en 2010 par caryotype par rapport au nombre d’analyses de cytogénétique
![Figure POSTNATAL2. Pourcentage d’anomalies équilibrées et déséquilibrées diagnostiquées en cytogénétique postnatale en 2010 par caryotype par rapport au nombre d’analyses de cytogénétique](figures/FPOSTNATAL2.gif)
Activité de recherche d'une anomalie chromosomique par analyse moléculaire
Les recherches d’anomalies chromosomiques par analyses moléculaires sont des techniques aussi bien utilisées par les laboratoires de cytogénétique que par les laboratoires de génétique moléculaire.
Analyses par puce
Au total, le rapport d’activité recense plus de 13 700 dossiers rendus en 2010.
En 2009, seuls 6 600 résultats avaient été rendus aux prescripteurs. Ce doublement du chiffre d’activité est probablement lié à la conjonction de deux événements : une réelle augmentation de l’activité associée à un meilleur recueil des données.
Dans plus de 82% des cas, les puces sont utilisées pour des analyses pangénomiques et non pour des analyses ciblées. L’indication majoritaire est « Syndrome malformatif avec retard mental ».
Tableau POSTNATAL5. Analyses ciblées par puce en 2010
Tableau POSTNATAL6. Analyse pangénomique par puce en 2010
Autres recherches d'anomalie chromosomique par analyse moléculaire (MLPA, QF-PCR, QMPSF…)
D’autres techniques de génétique moléculaire permettent la recherche d’anomalies chromosomiques, notamment : la MLPA, QF-PCR et la QMPSF. Près de 13 000 résultats (12 968) obtenus par ces analyses ont été rendus aux prescripteurs. Il sera intéressant d’en connaitre les indications.
Activité de génétique moléculaire
Il est impressionnant de constater qu’en 2010, plus de 361 000 résultats de génétique moléculaire ont été rendus en France. Ils incluaient plus de 11 564 tests de pharmacogénétique (3,2%). La proportion des tests de pharmacogénétique a augmenté. Ceci peut révéler deux informations, une montée en charge de cette activité et/ou des meilleures modalités de recueil de l’information la rendant plus exhaustive. Il sera important de suivre cet indicateur dans les années qui suivent.
Génétique des maladies
En 2010, les laboratoires français avaient développé des tests diagnostics pour 1 084 maladies (selon la classification Orphanet). Ces maladies étant dans leur grande majorité rares, voir extrêmement rares, 950 maladies ont réellement fait l’objet de recherche diagnostique en 2010. Ces analyses ont concerné près de 1 100 gènes différents.
Deux indications, « hémochromatose » et « thrombophilie non rare » représentent à elles seules plus de 40% des analyses réalisées en 2010. Si en volume ce chiffre est important, il ne faut pas oublier qu’en charge de travail l’analyse de gènes complexes est beaucoup plus chronophage et couteuse que ces 2 tests.
Les laboratoires ont développé entre 1 et 78 diagnostics de maladies, mais plus de 30% d’entre eux ne proposent qu’un ou deux tests différents.
Les maladies génétiques sont très majoritairement rares voir très rares. Développer des tests diagnostiques pour ces dernières peut se révéler très complexe. Ainsi, les laboratoires se sont généralement spécialisés et 97 laboratoires français proposent le diagnostic d’une maladie qui n’est développée dans aucun autre laboratoire. De plus, 665 maladies ne sont diagnostiquées que dans un seul laboratoire en France.
Tableau POSTNATAL7. Activité de génétique moléculaire postnatale en 2010 (hors pharmacogénétique)
N |
|
Nombre de diagnostics |
|
Disponibles |
1084 |
Réalisés |
950 |
Nombre de gènes |
|
Disponibles |
1212 |
Testés |
1093 |
Nombre d’analyses |
349605 |
dont hémochromatose et facteur II facteur IV |
140605 |
Tableau POSTNATAL8. Type de test en génétique moléculaire en 2010
|
Nombre de maladies étudiées |
Nombre de tests |
Diagnostic |
886 |
207173 |
De prédisposition |
72 |
115107 |
Oncogénétique |
54 |
27325 |
Tableau POSTNATAL9. Nombre de tests et de laboratoires pour une maladie étudiée par au moins dix laboratoires par génétique moléculaire postnatale en 2010
Numéro ORPHA |
Maladie |
Nombre de tests |
Nombre de laboratoires ayant effectué un test de niveau 1 |
Nombre de laboratoires ayant effectué un test de niveau 2 |
Nombre de laboratoires total |
ORPHA64738 |
Thrombophilie non rare |
104379 |
64 |
4 |
68 |
ORPHA139498 |
Hémochromatose type 1 |
36226 |
48 |
9 |
57 |
ORPHA145 |
Syndrome héréditaire de prédisposition au cancer du sein et de l'ovaire |
14972 |
. |
15 |
15 |
ORPHA586 |
Mucoviscidose |
12598 |
23 |
10 |
33 |
ORPHA908 |
Syndrome de l' X fragile |
8790 |
23 |
8 |
31 |
ORPHA1646 |
Délétion partielle de l'Y |
5049 |
25 |
4 |
29 |
ORPHA144 |
Cancer du côlon non polyposique |
3683 |
1 |
17 |
18 |
ORPHA676 |
Pancréatite chronique héréditaire |
2071 |
11 |
7 |
18 |
ORPHA273 |
Dystrophie myotonique de Steinert |
1940 |
12 |
8 |
20 |
ORPHA70 |
Amyotrophie spinale proximale |
1702 |
8 |
4 |
12 |
ORPHA262 |
Dystrophie musculaire de Duchenne et Becker |
1583 |
8 |
4 |
12 |
ORPHA232 |
Drépanocytose |
1248 |
7 |
6 |
13 |
ORPHA739 |
Syndrome de Prader-Willi |
1108 |
13 |
5 |
18 |
ORPHA399 |
Maladie de Huntington |
1003 |
7 |
5 |
12 |
ORPHA550 |
Syndrome MELAS |
798 |
5 |
5 |
10 |
Reco Autre |
Anoctamine |
785 |
5 |
12 |
17 |
ORPHA551 |
Syndrome MERRF |
675 |
5 |
5 |
10 |
ORPHA48 |
Absence congénitale bilatérale des canaux déférents |
631 |
11 |
11 |
22 |
ORPHA848 |
Bêta-thalassémie |
548 |
2 |
9 |
11 |
ORPHA72 |
Syndrome d'Angelman |
516 |
15 |
4 |
19 |
ORPHA778 |
Syndrome de Rett |
509 |
. |
10 |
10 |
Tableau POSTNATAL10. Description des maladies de génétique moléculaire postnatale en 2010
|
N |
Nombre de laboratoires |
|
qui n'étudient que l'hémocromatose |
3 |
qui n'étudient que la thrombophilie |
21 |
Nombre de laboratoires |
|
qui diagnostiquent une maladie qui n'est étudiée que dans 1 laboratoire en France |
97 |
qui diagnostiquent une maladie qui n'est étudiée que dans 2 laboratoires en France |
97 |
Nombre de maladies |
|
qui ne sont étudiées que dans 1 laboratoire en France |
665 |
qui ne sont étudiées que dans 2 laboratoires en France |
220 |
Figure POSTNATAL3. Pourcentage de laboratoires selon le nombre de diagnostics de génétique moléculaire proposés
![Figure POSTNATAL3. Pourcentage de laboratoires selon le nombre de diagnostics de génétique moléculaire proposés](figures/FPOSTNATAL3.gif)
Exemple d’une maladie : la dystrophie myotonique de Steinert
L’exemple de la maladie de Steinert, nous permet de voir que l’activité des laboratoires pour une même maladie n’est pas la même.
Par ailleurs, la définition du type de test n’était peut être pas assez explicite puisqu’un laboratoire a coché la case test de prédisposition. La notice devra donc être améliorée pour l’année 2011.
Tableau POSTNATAL11. Nombre de tests effectués et rendus pour la dystrophie myotonique de Steinert en 2010
|
N |
Moyenne |
Médiane |
Minimum |
Maximum |
Nombre de cas testés |
12598 |
381,8 |
71,0 |
7 |
2017 |
Nombre de cas index et apparentés rendus |
3447 |
104,5 |
51,5 |
5 |
1176 |
Tableau POSTNATAL12. Niveau, type de transmission et type de test lors du dépistage de la dystrophie myotonique de Steinert en 2010
|
Nombre de laboratoires |
Nombre de tests |
Niveau |
||
1 |
12 |
857 |
2 |
8 |
1083 |
Type de transmission |
||
Autosomique dominante |
20 |
1940 |
Type de test |
||
Diagnostic y compris de maladies à révélation tardive |
19 |
1883 |
De prédisposition |
1 |
57 |
En 2010, 34 laboratoires ont eu une activité de pharmacogénétique.
Le nombre d’analyses recueillies dans le rapport d’activité a presque doublé entre 2009 et 2010. Ceci peut révéler deux informations, une montée en charge de cette activité et / ou des meilleures modalités de recueil de l’information la rendant plus exhaustive. Il sera important de suivre cet indicateur dans les années qui suivent.
Suite au rapport d’activité 2009, un travail important entre l’Agence de la biomédecine, Orphanet et les professionnels a permis de mettre en place des codes Orpha pour la majorité des analyses de pharmacogénétique.
Un certain nombre de laboratoires n’a pas précisé l’indication pour les analyses HLA. Il existe donc un certain flou concernant cette donnée.
Tableau POSTNATAL13. Activité de pharmacogénétique en 2010
|
N |
Nombre de diagnostics |
|
Disponibles |
121 |
Réalisés |
74 |
Nombre d'analyses |
11564 |
Tableau POSTNATAL14. Maladies pour lesquelles au moins 150 tests ont été effectués en pharmacogénétique en 2010
Numéro ORPHA |
Maladie |
Nombre de tests |
Nombre de laboratoires ayant effectué un test de niveau 1 |
Nombre de laboratoires ayant effectué un test de niveau 2 |
Nombre de laboratoires total |
PHARMACO DPYD |
Toxicité des dérivés du 5-FU |
2072 |
1 |
1 |
2 |
ORPHA241005 |
Susceptibilité au syndrome d'hypersensibilité à l'abacavir |
1906 |
2 |
1 |
3 |
ORPHA240885 |
Toxicité de l'irinotécan |
1740 |
3 |
1 |
4 |
ORPHA241043 |
Choix du dosage de tacrolimus dans la transplantation |
1329 |
5 |
1 |
6 |
ORPHA240927 |
Choix du dosage d'azathioprine dans le traitement de la maladie de Crohn, de la leucémie et dans la transplantation |
722 |
5 |
1 |
6 |
Pharmaco Hepatite C |
Efficacité du traitement antiviral combinant l’interféron alpha pégylé et la ribavirine |
475 |
3 |
1 |
4 |
PHARMACO TPMT |
Analyse moléculaire du gène TPMT |
395 |
2 |
. |
2 |
PHARMACO ITPA |
Susceptibilité à l'anémie dans le traitement par la ribavirine |
365 |
1 |
. |
1 |
ORPHA64738 |
Thrombophilie non rare |
317 |
1 |
. |
1 |
ORPHA240973 |
Susceptibilité aux effets indésirables graves de l'irinotécan |
179 |
6 |
1 |
7 |
ORPHA825 |
Spondylarthrite ankylosante |
150 |
. |
1 |
1 |