Génétique postnatale 2011

Matériel et méthodes

Les données de génétique postnatale correspondent à l’activité 2011 des laboratoires. Elles ont été recueillies de manière spécifique en coopération avec Orphanet sur la base de la liste des laboratoires autorisés recensés et de la liste de ceux déclarés à Orphanet. La base de données a été figée le 27 mars 2012. Les modifications apportées après cette date n’ont pas été prises en compte.

 

Résumé de l’activité de génétique postnatale

Le rapport d’activité de génétique postnatale constitue un outil important notamment dans le cadre de la réalisation des SROS et de la mise en place du second plan maladie rare.

La participation de plus de 98% des laboratoires contactés est très satisfaisante. Seuls 4 laboratoires n’ont pas rendu de rapport, un était trop en retard pour que ses données puissent être prises en compte, un autre a refusé de remplir ses obligation réglementaires, un laboratoire a fermé en 2012, et enfin le dernier n’a pas eu d’activité en 2012.

Parmi les 244 laboratoires, 77 ont au moins une activité de cytogénétique y compris cytogénétique moléculaire et 185 au moins une activité de génétique moléculaire. Plus de 40% des laboratoires autorisés pour la génétique moléculaire le sont uniquement pour une activité limitée. Dans cette dernière situation l’activité peut être limitée à une ou plusieurs analyses.

Tableau POSTNATAL1. Laboratoires autorisés à une activité de génétique postnatale d'après les déclarations faites dans les rapports d'activité et en cours de validation par les ARS

      

 

Tableau POSTNATAL2. Activités pratiquées par les laboratoires de génétique moléculaire ayant une activité limitée

      

 

Tableau POSTNATAL3. Résumé de l’activité de génétique postnatale

      

 

Figure POSTNATAL1. Répartition géographique des laboratoires de cytogénétique et de génétique moléculaire postnatale ayant déclaré une activité en 2011

 

Activité de cytogénétique

Les données de cytogénétique sont particulièrement stables depuis trois ans (tableau POSTNATAL3). Le caryotype est un examen de génétique très pratiqué avec près d’un peu plus de 70 500 caryotypes. Il y a eu en 2011 près de 13 500 analyses d’hybridations in situ (FISH) réalisées souvent en complément.

 

Tableau POSTNATAL4. Activité de cytogénétique postnatale en 2011 selon l'indication

      

 

Figure POSTNATAL2. Pourcentage d’anomalies équilibrées et déséquilibrées diagnostiquées en cytogénétique postnatale en 2011 par caryotype par indication

 

 

Activité de recherche d'une anomalie chromosomique par analyse moléculaire

Les recherches d’anomalies chromosomiques par analyses moléculaires sont des techniques aussi bien utilisées par les laboratoires de cytogénétique que par les laboratoires de génétique moléculaire.

L’organisation des différents laboratoires ou plateformes est très variable, ce qui rend compliqué le recueil de l’activité dans ce domaine.

Analyses par puce

Au total, le rapport d’activité recense plus de 10 000 dossiers d’analyses de puces rendus en 2011. Ce chiffre est en baisse de plus de 3 000 tests par rapport à 2010. Cette baisse n’est probablement pas réelle mais serait due à une erreur sur le rapport de 2010. En effet, l’année dernière, un laboratoire aurait rendu ses données de recherche et non de diagnostic, faussant ainsi l’ensemble du rapport d’activité. Cette information est en cours de validation.

Si l’on compare les chiffres de 2011 à ceux de 2009, on observe une progression de plus 3500 tests (tableau POSTNATAL3). Cette augmentation correspond à la « démocratisation » de l’outil. Avec la mise en place du second plan maladie rare, cette tendance devrait s’accélérer dans les prochaines années.

Dans plus de 90% des cas, les puces sont utilisées pour des analyses pangénomiques et non pour des analyses ciblées. L’indication majoritaire est « Déficience intellectuelle ou trouble des apprentissages dans un cadre syndromique».

Tableau POSTNATAL5. Analyses ciblées par puce en 2011

      

 

Tableau POSTNATAL6. Analyse pangénomique par puce en 2011

      

 

Autres recherches d'anomalie chromosomique par analyse moléculaire (MLPA, QF-PCR, QMPSF…)

D’autres techniques de génétique moléculaire permettent la recherche d’anomalies chromosomiques, notamment : la MLPA, QF-PCR et la QMPSF. Près de 15 500 résultats obtenus par ces analyses ont été rendus aux prescripteurs. Il sera intéressant d’en connaitre les indications.

 

Activité de génétique moléculaire

Il est impressionnant de constater qu’en 2010, plus de 361 000 résultats de génétique moléculaire ont été rendus en France. Ils incluaient 11 564 tests de pharmacogénétique (3,2%). La proportion des tests de pharmacogénétique a augmenté. Ceci peut révéler deux informations, une montée en charge de cette activité et/ou des meilleures modalités de recueil de l’information la rendant plus exhaustive. Il sera important de suivre cet indicateur dans les années qui suivent.

Génétique des maladies

En 2011, les laboratoires français avaient développé des tests diagnostics pour 1 170 maladies (selon la classification Orphanet). Ces maladies étant dans leur grande majorité rares, voir extrêmement rares, 962 maladies ont réellement fait l’objet de recherche diagnostique en 2011. Ces analyses ont concerné un peu plus de 1 100 gènes différents.

Deux indications, « hémochromatose » et « thrombophilie non rare » représentent à elles seules plus de 40% des analyses réalisées en 2011. Si en volume ce chiffre est important, il ne faut pas oublier qu’en charge de travail l’analyse de gènes complexes est beaucoup plus chronophage et couteuse que ces 2 tests.

Les laboratoires ont développé entre 1 et 88 diagnostics de maladies, mais plus de 30% d’entre eux ne proposent qu’un ou deux tests différents.

Les maladies génétiques sont très majoritairement rares voir très rares. Développer des tests diagnostiques pour ces dernières peut se révéler très complexe. Ainsi, les laboratoires se sont généralement spécialisés et 102 laboratoires français proposent le diagnostic d’une maladie qui n’est développé dans aucun autre laboratoire. De plus, 726 maladies (62%) ne sont diagnostiquées que dans un seul laboratoire en France.

Pour identifier les maladies, nous avons décidé de nous baser sur la classification de l’encyclopédie Orphanet. Ainsi peuvent être comptabilisées comme deux pathologies distinctes deux formes d’une même maladie enregistrées sous deux numéros ORPHA différents.

Tableau POSTNATAL7. Activité de génétique moléculaire postnatale (hors pharmacogénétique)

      

 

Tableau POSTNATAL9. Nombre de tests et de laboratoires pour une maladie étudiée par au moins dix laboratoires par génétique moléculaire postnatale en 2011

      

 

Tableau POSTNATAL10. Description de l’activité de génétique moléculaire postnatale

      

 

Figure POSTNATAL3. Pourcentage de laboratoires selon le nombre de diagnostics de génétique moléculaire proposés en 2011

 

 

Activité de pharmacogénétique

En 2011, 41 laboratoires ont eu une activité de pharmacogénétique.

Le nombre d’analyses recueillies dans le rapport d’activité a presque doublé entre 2009 et 2010 puis de nouveau entre 2010 et 2011 (Tableau POSTNATAL11). Ceci peut révéler deux informations, une montée en charge de cette activité et/ou des meilleures modalités de recueil de l’information la rendant plus exhaustive. Il sera important de suivre cet indicateur dans les années qui suivent.

Depuis trois ans, un travail important et continu entre l’Agence de la biomédecine, Orphanet et les professionnels a permis de mettre en place des codes Orpha pour la majorité des analyses de pharmacogénétique. Cet effort a permis de mieux recueillir les données. Néanmoins une amélioration continue reste nécessaire surtout pour ce domaine qui est en constante évolution. Les laboratoires devront notamment, lorsqu’ils étudient un gène, être en mesure d’en connaitre l’indication lorsqu’il peut y en avoir plusieurs.

A titre d’exemple, il est intéressant de noter qu’avec plus de 3 300 analyses, le test de pharmacogénétique pour l’analyse « Prédiction de la réponse au traitement Interféron/Ribavirine » est le second test de pharmacogénétique le plus exécuté en 2011. Quatorze laboratoires sont concernés. En 2010, ils n’étaient que 4 et seuls 475 tests avaient été déclarés. Une modification frappante des pratiques est ici observée suite à la publication d’articles dans des revues internationales à comité de lecture. Le passage de la recherche à la routine s’est fait de manière très rapide, et l’on peut s’interroger sur la validation de tels tests. Inversement, si l’offre prenait du retard on pourrait se questionner sur un éventuel risque de perte de chance. Il est nécessaire de suivre de telles évolutions pour éviter un développement anarchique des tests

 

Tableau POSTNATAL11. Evolution de l’activité de pharmacogénétique

      

 

Tableau POSTNATAL12. Tests de pharmacogénétique pour lesquels au moins 150 analyses ont été effectués en 2011