L'Agence repose sur une structure centralisée, pilotée par la Direction générale, soutenue par une direction générale adjointe en charge de la politique médicale et scientifique, qui pilote les trois directions médicales couvrant les domaines de compétence de l’agence, une direction générale adjointe en charge des ressources – ressources humaines, juridique, finance, etc. – et une direction de la communication et des relations avec les publics. Cette organisation est enrichie par des pôles d'excellence transversaux, sur la recherche ou les données par exemple, qui assurent une expertise diversifiée et une approche intégrée dans ses différents domaines d'intervention. Ce pilotage permet à l'agence de répondre de manière innovante et très opérationnelle aux défis de la bioéthique.
L’agence met tout en œuvre pour garantir aux patients un accès équitable aux soins, en s’appuyant sur un réseau local solide. Les services régionaux de l’agence assurent la coordination des actions sur le terrain, la régulation des prélèvements, ainsi que la formation et la sensibilisation des professionnels de santé. L’agence a également mis en place un pilotage régional des plans ministériels, en collaboration avec les agences régionales de santé, pour apporter une réponse adaptée aux spécificités locales.
L’Agence de la biomédecine s’appuie sur trois instances pour conduire ses missions dans ses domaines de compétences : un Conseil d’orientation, un Conseil d’administration et un Conseil médical et scientifique. Ces instances jouent chacune un rôle distinct mais complémentaire dans le pilotage, l'évaluation et la régulation des pratiques dans le respect du cadre des lois de bioéthique.
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